Mùa hè năm 2003, Zola chuyển về chơi cho Cagliari tại Serie B. Chính Zola đã kéo được Cagliari trở lại Serie A và hợp đồng của anh được ký thêm 1 năm. Gianfranco chính thức chia tay sự nghiệp cầu thủ vào tháng 6 năm 2005. Số 10 tại Cagliari và số 25 tại Chelsea đã trở thành một biểu tượng lớn.

Cả sự nghiệp của mình, Zola chơi 627 trận và ghi được 193 bàn thắng. Hiện tại anh đang là huấn luyện viên đội tuyển U21 nước Ý